一応レジストリを眺めて、思い当たる箇所を変更してみてもリセットされないので、MMSLiteの再インストールをしたら復旧しました。
何で未読が残ったままになったのか不明なままなんで、若干不安がありますが、とりあえずこのまま使うことにします…。